R plot.gam错误 "Error in 1:object$nsdf : argument of length 0"

我试图在R中绘制一个gam对象，该对象是使用gam包制作的。我收到Error in 1:object$nsdf : argument of length 0 when using plot.gam中报告的相同错误。但是，在那里找到的解决方案(我认为是更新到最新版本)对我不起作用。我正在运行R 3.3.1，gam 1.12和mgcv 1.8.12(mgcv是plot.gam函数的来源)。

不幸的是，我无法共享正在使用的数据。但是，以下代码-直接从Intro的p.294中提取。使用R进行统计学习-为我重现错误:

library(gam)
library(ISLR) # contains the Wage dataset used here
gam.mod <- gam(wage ~ s(year, 4) + s(age, 5) + education, data = Wage)
plot(gam.mod)

有人知道这里发生了什么或如何解决？

谢谢你。

最佳答案

如果仍然收到此消息，则需要将mgcv和gam软件包更新为最新版本。 2018年2月，gam软件包进行了重大更改:Could not find function plot.gam。这意味着，由gam程序包安装的GAM现在具有“Gam”类，即使加载了mgcv程序包，plot也不会选择mgcv::plot.gam进行绘制。

但是，在R session 中同时包含两个软件包仍然是不安全的。因此，仍然强烈建议您在2016年提出以下建议。

建议

最好具有此玩具功能，以检查R session 是否可以运行GAM分析。

GAM_status <- function () {
  if (all(c("gam", "mgcv") %in% .packages())) print("Not OK")
  else print("OK")
  }

nsdf是，即严格自由度的数量，是mgcv中唯一使用的术语。如您所述:mgcv是plot.gam函数的来源。

问题是您在R session 中同时具有gam和mgcv这两个不兼容的程序包。您可以将gam.mod与gam::gam拟合，然后使用mgcv::plot.gam绘制模型。

请注意，通常使用::所做的设置将在此处失效。通常，当两个程序包具有某些相互屏蔽的功能时，可以使用::来解决。但是，对于mgcv和gam，这是完全不可能的。因此，我的建议是，如果您使用gam，请不要在R session 中触摸mgcv，反之亦然。

因此，我开始了一个新的R session ，然后执行以下操作，一切都很好!

library(gam)
library(ISLR) # contains the Wage dataset used here
gam.mod <- gam(wage ~ s(year, 4) + s(age, 5) + education, data = Wage)
par(mfrow = c(2,2)); plot(gam.mod)

mgcv和gam彼此不依赖，但是由于mgcv比gam受欢迎，因此许多软件包都依赖mgcv，例如 car :

car: Companion to Applied Regression

Functions and Datasets to Accompany J. Fox and S. Weisberg, An R  Companion to
Applied Regression, Second Edition, Sage, 2011.
Version:    2.1-3
Depends:    R (≥ 3.2.0)
Imports:    MASS, mgcv, nnet, pbkrtest (≥ 0.4-4), quantreg, grDevices, utils,
            stats, graphics

注意“导入”字段，library(car)将同时加载这些软件包。

关于R plot.gam错误 "Error in 1:object$nsdf : argument of length 0"，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/39042064/