R语言---生信分析---ssGSEA基因集富集分析、免疫浸润 背景介绍 代码 0. 设置工作目录,加载需要的包 1. 读取 TPM 表达矩阵数据,或表型数据 2. 数据处理 3. 加载需要的包,数据 4. 读取基因列表,得到免疫细胞对应的特异的基因 5. ssgsea分析 6. 富集分数画热图 结果 参考 背景介绍 单样本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA),是GSEA方法的扩展,计算每个样本和基因集配对的富集分数。每个ssGSEA富集评分代表了样本中特定基因集的成员被协调上调或下调的程度 代码 0. 设置工作目录,加载需要的包 setwd('D:\\