r - 编织Rmd文档时如何请求提前退出？

假设您有一个R markdown文档，它将无法清晰呈现。

我知道您可以将knitr块选项error设置为TRUE，以请求继续评估，即使存在错误也是如此。您可以通过error = TRUE为单个块执行此操作，或者通过knitr::opts_chunk$set(error = TRUE)以更全局的方式执行此操作。

但是有时仍然存在一些错误，这些错误对于编织过程仍然是致命的。我最近遇到的两个示例:尝试对当前工作目录进行unlink()(哎呀!)，以及在RStudio不可用时从内联R代码调用rstudioapi::getVersion()。是否有对这类错误(即error = TRUE所无法涵盖的错误)的一般描述？有没有办法容忍内联R代码和块中的错误？

此外，在这种情况下，还有更多官方方法可以提前停止编织或自动调试吗？

最佳答案

要提前退出编织过程，可以在源文档中的任何位置(在代码块或内联表达式中)使用knitr::knit_exit()函数。调用knit_exit()后， knitr 将忽略文档的所有其余部分，并写出到目前为止已收集的结果。

目前尚无法容忍内联R代码中的错误。您需要确保内联R代码始终运行无错误1。如果确实发生错误，则应该从控制台中的 knitr 日志中以Quitting from lines x1-x2 (filename.Rmd)的形式查看产生错误的行范围。然后，您可以转到文件filename.Rmd，查看从x1到x2的行出了什么问题。具有块选项error = FALSE的代码块也是如此。

除了上面提到的错误类型之外，查找问题根源可能很棘手。例如，当您无意间使用unlink()当前目录时，它不应停止编织过程，因为unlink()仍然成功。编织过程后可能会遇到问题，例如LaTeX / HTML无法找到输出图形文件。在这种情况下，您可以尝试将knit_exit()一对一地应用于文档中的所有代码块。实现此目的的一种方法是设置一个块挂钩，以在某个特定块之后运行knit_exit()。以下是使用线性搜索的示例(您可以改为使用二分法来改进它):

#' Render an input document chunk by chunk until an error occurs
#'
#' @param input the input filename (an Rmd file in this example)
#' @param compile a function to compile the input file, e.g. knitr::knit, or
#'   rmarkdown::render
knit_debug = function(input, compile = knitr::knit) {
  library(knitr)
  lines = readLines(input)
  chunk = grep(all_patterns$md$chunk.begin, lines)  # line number of chunk headers

  knit_hooks$set(debug = function(before) {
    if (!before) {
      chunk_current <<- chunk_current + 1
      if (chunk_current >= chunk_num) knit_exit()
    }
  })

  opts_chunk$set(debug = TRUE)

  # try to exit after the i-th chunk and see which chunk introduced the error
  for (chunk_num in seq_along(chunk)) {
    chunk_current = 0  # a chunk counter, incremented after each chunk
    res = try(compile(input))
    if (inherits(res, 'try-error')) {
      message('The first error came from line ', chunk[chunk_num])
      break
    }
  }
}

这是设计使然。我认为为代码块使用error = TRUE是个好主意，因为有时我们出于教学目的例如会显示错误。但是，如果我也允许内联代码出现错误，那么作者可能无法识别内联代码中的致命错误。内联代码通常用于内联嵌入值，如果内联值有错误，我认为这没有多大意义。想象一下报告中的一个句子，例如The P-value of my test is ERROR，如果 knitr 没有发出错误信号，它将要求作者非常仔细地阅读报告输出以发现此问题。我认为必须依靠人眼才能发现这种错误是一个坏主意。

关于r - 编织Rmd文档时如何请求提前退出？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/33705662/